La selva misionera presenta diversos estratos, que se pueden resumir en los siguientes:
1- Estrato muscíneo o piso de la selva: integrado por especies vegetales tales como los musgos, las hepáticas, algunas algas terrestres, líquenes terrestres, hojarasca, hongos, frutos caídos y semillas caidas, entre otros. Los animales de este estrato son las aves caminadoras (ipacaa o saracura, urú, perdiz o inambú, macuco), hormigas, arañas, lagartijas, lagarto overo, venados, tatúes, paca, yaguareté, tapir, ratas, oso hormiguero, carpincho, hurones, puma, gatos montes, pecaríes, zorro,
2- Estrato herbáceo: formado por las hierbas, tales como helechos, piperáceas, acantáceas, poáceas (antes llamadas gramíneas), ciperáceas, verbenaceas, leguminosas o fabáceas, orquídeas terrestres,. achiras, tréboles, caraguatás, Santa Lucía, entre otras. Los animales de este estrato son hormigas, arañas, culebras y serpientes, libélulas.
3- Estrato arbustivo o sotobosque: lo constituyen los arbustos, tales como la hirca, ortigón, cangorosa, plumerillos, jaborandí, mamón de monte, renovales de árboles,
4- Arbóreo intermedio: ñandipá, cañas o tacuaras, pitanga, guabiyú, guabirá, yabuticaba, pacurí, aguaí, yacaratiá, cedrillo, sauco,
5- Arbóreo alto o superior o Dosel, también llamado techo de la selva: Pindó, Lapacho Negro y Lapacho Amarillo, Loro Negro, Loro Blanco, Incienso, Grapia, Guayubira, Cancharana, Anchico Colorado, Guatambú Blanco, Laurel Negro y Laurel Amarillo, Espina Corona, Rabo Mole, Rabo Itá, Palo Borracho, pindó, Palmito, Araucaria. La fauna de este estrato es variado.
6- Estrato emergente: A mas de 40 metros del suelo llegan el Palo Rosa, la Cañafistola, Alecrín y Timbó. Entre la fauna se destacan el Águila Harpía, los Jotes, Águila Viuda, Milano Tijereta,
